Técnica pela qual se identificam sequências específicas de nucleotídeos em células ou cortes histológicos. Estas podem ser de DNA ou RNA, endógenas, bacterianas ou virais. Esta técnica de pesquisa está sendo traduzida para a prática diagnóstica, principalmente nas áreas de expressão gênica, infecção e citogenética de interfase. As aplicações diagnósticas são mais freqüentemente baseadas em seqüências curtas de nucleotídeos (oligômeros) marcados com moléculas sinalizadoras não isotópicas, e os sítios de ligação podem ser localizados por reações histoquímicas ou imunoistoquímicas.